使命召唤6的背景故事如下所述 ：

故事发生在之前的游戏《使命召唤4现代战争》的剧情之后5年。此时，俄罗斯已经被极端分子控制，扎卡耶夫也被宣传成了新的俄罗斯英雄。与扎卡耶夫有密切关联的恐怖主义者弗拉基米尔马卡洛夫掌控了俄罗斯激进恐怖组织，世界再次不安定起来。为了应对严峻的国际形势，英国空降特勤队、美国中央情报局、美国海豹突击队等部门联合成立了“141特战队”，之前的游戏的主角“肥皂”则成为141特战队的队长。并最终完成刺杀任务，安全逃离。