湖水色彩的起因，由于水是富含钙离子，水流缓慢，所以经过长年的沉积，水中渐渐生成不同形状的沉积， 湖水对太阳光的散射、反射和吸收，太阳光或自然光是由不同波长的单色光组合而成的复色光，在光谱中，由红光至紫光，波长逐渐减小，九寨沟的湖水呈现艳丽的蓝绿色，说明湖水中短波长的散射远大于长波长，这就是瑞利散射效应，瑞利散射效应在九寨沟的湖水中之所以尤为突出，主要是因沟内植被郁闭度高、水循环条件较畅通以及石灰华对悬移质的固定作用，从而使水中悬浮物、有机物、浮游生物极少，湖水的洁净度和透明度极高。