整个陵园可分为四个层次，即地下宫城为核心部位，其它依次为内城、外城和外城以外，各各主次分明。

陵园的核心是地宫。秦陵地宫位于内城南半部的封土之下，相当于秦始皇生前的宫城。

其次是内城。内城是秦陵园的重点建设区，内城垣内的地面地下设施最多，尤其是内城的南半部较为密集。内城北半部的西区是便殿附属建筑区，东区是后宫人员的陪葬墓区。这种布局清晰地说明：内城南部为重点区，北部为附属区。而南北两部设施的内涵，均属于宫廷的范围。

再次是外城，即内外城垣之间的外廓城部分，其西区的地面和地下设施最为密集，南、北两区尚未发现遗迹、遗物。这种布局说明外廓城的西区是重点区，其内涵为象征京城内的厩苑、囿苑及园寺吏舍。与内城相比，显然居于附属地位。

最后是外城垣之外的地区。有三处修陵人员的墓地、砖瓦窑址和打石场等，北边发现有陵园督造人员的官署及郦邑建筑遗址，属于最次级边缘的地位。