补办离婚协议应当在民政局进行，在夫妻办理协议离婚时，需要向民政局提交离婚协议书，该离婚协议书是一式三份，也就是在民政局留了一份归档。

【法律依据】

《婚姻法》三十一条，男女双方自愿离婚的，准予离婚。双方必须到婚姻登记机关申请离婚。婚姻登记机关查明双方确实是自愿并对子女和财产问题已有适当处理时，发给离婚证。