两国酱油的发酵工艺是不一样的，中国是用曲发酵，日本是用霉菌发酵。因为日本的特殊气候和在江户时代的人工选择性的培养，黄曲霉失去了合成黄曲霉毒素的相关基因片段，同时细胞核增加到了10个，突变成了新的霉菌，一个细胞核丧失活性还有其他细胞核代替，这代表发酵程度快了几十倍甚至上百倍，保鲜程度也高了不少，但因为这种霉不耐高温所以日本酱油和味噌不能久煮。

酱油：

酱油是中国传统的调味品，用大豆或脱脂大豆或黑豆、小麦或麸皮，加入水、食盐酿造而成的液体调味品，色泽呈红褐色，有独特酱香，滋味鲜美，有助于促进食欲。酱油是由酱演变而来，早在三千多年前，中国周朝就有制做酱的记载了，而中国古代劳动人民发明酱油之酿造纯粹是偶然地发现，中国古代皇帝御用的调味品，最早的酱油是由鲜肉腌制而成，与现今的鱼露制造过程相近，因为风味绝佳渐渐流传到民间，后来发现大豆制成风味相似且便宜，才广为流传食用，而早期随着佛教僧侣之传播，遍及世界各地，如日本、韩国、东南亚一带，中国酱油之制造，早期是一种家事艺术与秘密，其酿造多由某个师傅把持，其技术往往是由子孙代代相传或由一派的师傅传授下去，形成某一方式之酿造法。