公有住房超标面积补缴方式是：

1、为避免国有资产流失，盘活市场存量，对职工现居住两套或两套以上住房且已取得房屋所有权证的超出控制面积标准问题按以下办法处理：拥有多套住房，若其中一套或多套合并计算面积达到控制面积标准的，其余成套住房原则上应退回原产权单位。

2、若因客观原因无法退回原产权单位的，经产权单位同意，由产权单位纪检部门盖章，本着自愿原则，超出控制面积标准的部分按市内各行政区域存量房交易平均价格计算超面积购房款。为降低行政成本，鼓励职工尽快办理补超标手续，2018年办理补超标手续的，按照市内各行政区域存量房交易平均价格的85%计算超面积购房款；2019年办理补超标手续的，按照市内各行政区域存量房交易平均价格的90%计算超面积购房款。