天然水晶一般有结晶体和微粒结晶体两种种类，结晶体的形状一般都为六角形，而微粒结晶体内部有很多小颗粒，形状不规则。结晶体包含白水晶、黄水晶、紫水晶。微粒结晶体则包含发晶、彩虹水晶、蔷薇水晶。

结晶体

天然水晶分为结晶体和微粒结晶体两大类，结晶体的形状一般都为六角形，而且呈水晶柱的模样。微粒结晶体内部有很多小颗粒，形状不规则，水晶的表面非常平滑，结晶之间有水化硅石填补。

结晶体

结晶体中的种类有白水晶、黄水晶、紫水晶、棕黄水晶、墨晶，这些水晶大多都比较透明，而且内部的结构完整，其中的紫水晶中还含有三价铁和锰，墨水晶中含有有机质，黄水晶中含有二价铁。

微粒结晶体

微粒结晶体的种类有发晶、彩虹水晶、蔷薇水晶、烟水晶，这些水晶的结构都是由小的晶体组成的。彩虹水晶中含有小气泡和裂缝，光在裂缝中反复的折射后形成彩虹颜色，烟水晶则呈烟黄色，发晶中还含有金刚石的成分。