反间谍工作的主管机关是国家安全机关。国家安全机关是掌管对外情报和反间谍工作，担负保卫国家安全的专门机关。中国的国家安全工作原统由公安机关负责。

国家安全机关与公安机关的分工是：前者主要是对外，后者主要是对内，互相结合，组成一个完整的保卫国家安全和社会治安的安全体系。根据1983年9月2日中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会决定，国家安全机关可以行使宪法和法律规定的公安机关的侦查、拘留和执行逮捕的职权。