原核微生物包括古菌（即古细菌）、真细菌、放线菌、蓝细菌、粘细菌、立克次氏体、支原体、衣原体和螺旋体。

原核微生物是一类无真正细胞核的单个细胞或类似于细胞的简单组合结构的微生物。原核生物的概念最早由查顿（1937）和E.B.科普兰（1938）先后提出，后来被电子显微镜和其他分子生物学技术研究所确定。