长期吃纯素食，会使人体碳水化合物、蛋白质、脂肪比例失衡，造成消化不良、记忆力下降、免疫力降低、内分泌和代谢功能发生障碍，容易发生贫血和肿瘤。此外，长期素食还会引起胃酸及消化酶减少，味觉降低，导致食欲不振；植物油不饱和脂肪酸所产生的过氧化物，与人体蛋白质结合形成脂褐素，在器官中沉积，会加速衰老。

素食还容易引起微量元素和维生素缺乏症。人体必需的微量元素如锌、钙、铁等主要来自荦食。锌主要来源于动物性食物，饮食中80%的钙来自奶类，80%的铁来自肉类和蛋类。素食中锌、钙、铁含量少，其中含有较多的植酸和草酸，反而会阻碍锌、钙和铁等微量元素的吸引。例如菠菜中含有的草酸能结合豆腐里的钙成为草酸钙，不为人体吸收。因此，长期食素者容易发生因缺乏微量元素而引起的一些疾病：缺乏锌可引起小儿厌食症、异食癖和成年人的性功能下降、不育症；缺钙会引起小儿佝偻病和中老年人骨质增生、骨质疏松症；缺铁会引起贫血和影响小儿智力发育。