紫药水有副作用，紫药水会使婴幼儿出现烦躁不安、易激怒、哭闹、夜寐不宁、严重的可有流涎、音哑、吞咽困难、气促甚至呼吸困难等问题。对紫药水过敏的人会表现为涂药周围皮肤潮红、搔痒或皮疹，若涂于口腔可见牙龈、舌头、口腔粘膜潮红溃疡，或出现灰白色斑块样病变，擦去斑块后局部有渗血创面，有的甚至出现舌体肿大、增厚等。