吉乃尔湖位于在格尔木市柴达木盆地内，吉乃尔湖湖盆外围为第四系洪积、冲积、风积和湖相粘土及化学类型沉积；滨湖大多为湖积和湖相化学沉积，盐碱地广布。

吉乃尔湖的湖水主要依赖东台吉乃尔河补给，东台吉乃尔河，其上源为那棱格勒河和洪水河，源于昆仑山鹤托坂日雪山和布喀达坂雪山；那棱格勒河多年平均流量33.83立方米/秒，径流量10.35亿立方米，其中冰川融水径流量3.07亿立方米。