海龟是用肺来进行呼吸的，但它胸部不能活动，是一种吞气式的呼吸方式，每隔一段时间便要将头伸出海面来呼吸。但也可以比较长时间地在水下生活，因为它们都还有一种具特异呼吸功能的器官就是肛囊，即直肠两侧的一对薄囊，在肛羹袋的壁上密布著许多微血管。

当海龟在海中栖息时，能有节奏地收缩着肛门周围的肌肉，使海水在肛门、直肠和肛囊间进出，此时微细血管内的红细胞即可从海水中摄取氧气，不必把头伸出水面进行呼吸了。