方法如下：

1、这要看是那类问题，如果是工程质量问题，那就要责成项目监理单位，由施工单位进行返修或对问题严重的部分进行拆除，重新按设计图纸进行施工，同时要对项目监理单位和项目施工单位进行必要的通报批评，对责任人要给与处罚；

2、如果是资金方面出现问题，要认真进行审计和查账，找出原因，如果是贪污、挪用那就要向检察员或法院起诉，进行法律惩处，并要追回资金；

3、如果是项目概算不够，原材料涨价引起，那就需要及时进行追加。