民间借贷纠纷案件举证方式有：
1、证明当事人诉讼主体资格的证据;
2、证明借款关系存在的证据;
3、证明已偿还借款的证据;
4、诉讼请求金额的计算依据。
【法律依据】
《合同法》第二百一十条：自然人之间的借款合同，自贷款人提供借款时生效。
