dna碱基配对主要靠氢键，氢原子与电负性大的原子X以共价键结合，若与电负性大、半径小的原子Y接近，在X与Y之间以氢为媒介，生成一种特殊的分子间或分子内相互作用，称为氢键。

碱基互补配对是指核酸分子中各核苷酸残基的碱基按A与T、A与U和G与C的对应关系互相以氢键相连的现象。它是沃森和克里克首先在DNA双螺旋结构模型中提出来的。