工程结算纠纷的处理，以预算部为主，其它部门配合完成。国务院以及县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门负责。

【法律依据】

根据《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第4条规定，国务院住房城乡建设主管部门负责全国工程发承包计价工作的管理。

县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门负责本行政区域内工程发承包计价工作的管理。其具体工作可以委托工程造价管理机构负责。