亚显微结构的细胞器有内质网、细胞膜、核糖体，以及细胞器的精细结构。

亚显微结构又称为超微结构，指在普通光学显微镜下观察不能分辨清楚的细胞内各种微细结构。能够在电子显微镜下看到的直径小于0.2微米的细微结构，叫做亚显微结构。

生物上显微结构一般是以细胞为单位，而亚显微结构是以细胞器为单位的。亚显微结构要通过电子显微镜才能看到。

普通光学显微镜的分辨力极限约为0.2微米，细胞膜、内质网膜和核膜的厚度，核糖体、微体、微管和微丝的直径等均小于0.2微米，因而用普通光学显微镜观察不到这些细胞结构，要观察细胞中的各种亚显微结构，必须用分辨力更高的电子显微镜。