真菌的基本结构为菌丝（hypha)和孢子（spore)。

在适宜条件下，真菌由于包子生出芽管，逐渐延长呈丝状，生物学上把真菌的每一根细丝叫菌丝。菌丝所形成的集团称为菌丝体（mycelium)。

孢子是真菌的生殖结构，是真菌繁殖的微小单位。孢子的大小(小者1-2μm，大者可达200μm或更大形状、功能和形成方式各不相同。孢子可分为有性抱子和无性抱子。