火车宠物托运是安全的，但必须在两证(动物免疫证和犬类准养证)齐全情况下可以办理托运业务，需携带两证和宠物到动物卫生监督所办理《出县境动物检疫合格证明》。《旅客运输管理规程》关于行李禁带品的第五十二条第三款规定：动物及妨碍公共卫生(包括有异味)的物品属于行李禁带品，所以严禁携带宠物乘坐公共交通。