吉林大学化学学院的前身是吉林大学化学系，始建于1952年，由老一代化学家蔡镏生院士、唐敖庆院士、关实之教授、陶慰孙教授等亲手创建。2000年6月，吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院合并，组建成立了新的吉林大学。次年5月，新吉林大学进行院系整合，由来自五所大学化学学科的师生员工组成了化学学院。在六十余年教学与科研的实践中，吉林大学化学学院逐步形成了群体协作的团队作风，求实创新的工作理念，脚踏实地的科学精神和珍惜学院集体荣誉的优良传统。

化学学院是我国首批一级学科博士学位授权单位，首批博士后科研流动站。2007年，吉林大学化学学科被评为一级学科国家重点学科。