1、头部：大鳄的头比较尖，小鳄龟的头比较圆；

2、上颌：大鳄龟上颌似鹰嘴状，钩大，小鳄龟上颌似钩状，但钩小；

3、嘴部：大鳄龟的嘴部比小鳄龟的要长，舌头为红色的结构，口腔底部有一蠕虫样的附器，常静伏水中，张着嘴，借附器诱食附近鱼类，小鳄龟则没有这些特征；

4、背甲：大鳄龟的背甲甲峰很明显，而小鳄龟的甲峰则不明显，近乎平背，背甲看起来比较圆。大鳄龟的背甲上有3条凸起的纵走棱脊，褐色，每块盾片均有突起物，腹甲棕色，具上缘盾，小鳄龟的背甲棕黄色或黑褐色，有3条纵行棱脊，肋盾略隆起。