1、原料不同：黑茶加工的初级原料是中小叶种，而普洱茶原料是云南大叶种。

2、发酵不同：黑茶加工湿度是鲜叶本身水分杀青剩余的部分，堆温来源于杀青后的残余温度，残存酶促呼吸作用的热量，黑茶特征形成于初制。普洱生茶是新鲜的茶叶采摘后，经杀青、揉捻、毛茶干燥后以自然的方式陈放，未经过渥堆发酵处理的茶。而熟茶则是生茶经过人工快速后熟发酵，洒水渥堆工序后制成的茶品。

3、加工工艺：黑茶加工过程中鲜叶至成品是连续完成的。原料嫩变的不同，加工时间长短不一。而普洱茶是利用人工调节水分、温度、空气，实现了有限控制微生物消长及水热作用，发展出了高温渥堆快速发酵普洱茶工艺。

4、内含物质不同：由于黑茶加工的原料是中小叶种，其内含物质相对较低，尤其是有效化学成分含量少，即咖啡碱、茶多酚、茶多糖等有益成分少，微生物作用时间相对短，有益成分的转化也相对少，且黑茶原料化学成分未受光的作用，因此没有光化学的参与。