哈尔滨师范大学研究生院是经国务院学位委员会首批批准的硕士学位授予单位，从1960年开始招收研究生，现有中国古代文学、文艺学、马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育、课程与教学论、音乐学、遗传学、自然地理学9个博士学位点，文艺学等81个硕士学位点，其中有16个专业为省级重点学科。目前在校全日制博士、硕士研究生2000余人，非全日制教育硕士、高校教师在职攻读硕士学位、同等学力在职申请硕士学位及研究生课程进修班2000多人。