水晶和石英的主要区别在于颜色、光泽和净度不同，水晶是属于石英的一种，它的颜色有无色、黄色、紫色、粉色、粉红色、茶色等，表面呈玻璃光泽，净度高。而石英石主要以无色为主，不透明，质地也很差。

水晶是石英石的一种，但它们主要的区别在于颜色的不同，水晶的主要成分是二氧化硅，由于里面含有微量元素，所以具有无色、黄色、紫色、粉色、粉红色、茶色等，而石英石也叫硅石，主要以无色或者白色为主。

水晶是一种透明度很高的石英矿物晶体，由于在漫长的形成过程中，经过时间的日积月累形成很高的光泽度，表面呈玻璃光泽，用手触摸的话比较有手感。而石英石是一种矿物的总称，它表面没什么光泽，看起来非常粗糙。

同时石英和水晶的瑕疵也是不同的，天然水晶形成的条件比较苛刻，内部结构致密且坚硬，净度高，主要以半透明或者全透明居多，通过灯光照射后，可以明显看出内部矿物的颗粒，而石英石是不透明的，质地也很差。