鸣人在妙木山修炼是从374集开始的。鸣人再次寻找佐助的踪影失败后，回到木叶，却惊闻自来也被佩恩杀害的噩耗。为此曾一度悲伤消沉的他，因为伊鲁卡老师和鹿丸的鼓励，而重新振作起来，并协助解开自来也临终前留下的暗号。

可惜的是，对佩恩的真面目仍然没有头绪。为了替自来也报仇，鸣人决定接受深作大人的提议，前往自来也曾修行的仙地“妙木山”，作艰苦的仙术训练。

训练期间，鸣人多次差点变成石蛙，幸得深作大人用术阻止，不过鸣人却也满身是伤。经过一番修行，鸣人总算是基本掌握了自然力量，故深作大人便要他开始转为不用蛤蟆油的练习，同时也给了鸣人自来也的遗作──“超骨气忍传”。