现在关于翼龙灭亡的原因一共有两种普遍被人们所接受：

1、由于早期鸟类的竞争最终导致了翼龙的灭亡，到了白垩纪末期，只有发现大型翼龙类而小型翼龙类已消失，生态位被早期鸟类取代，但是化石纪录缺乏翼龙的现象，也可能是因为它们的骨架脆弱、难以保存所致，而跟鸟类的生物多样性无关；

2、由于大多数翼龙发展成依靠海洋的生活模式，所以当白垩纪末灭绝事件严重地影响翼龙类赖以为生的海洋动物时翼龙类也随之灭绝。