两处发放工资薪金的单位应按照《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第61号）的规定，各自按照累计预扣法预扣预缴个人所得税。

根据《个人所得税法实施条例》的规定，纳税人同时从两处以上取得工资、薪金所得，并由扣缴义务人减除专项附加扣除的，对同一专项附加扣除项目，在一个纳税年度内只能选择从一处取得的所得中减除。

也就是说，对于从两处以上取得工资薪金的个人的专项附加扣除可以选择所有项目在一处扣除，也可以选择将不同的项目在不同单位扣除，但一经选择，一个纳税年度不能变更。

对于从两处以上取得工资薪金的个人，因为两处扣缴义务人在进行累计预扣时都扣除了减除费用，如果收入额减除专项扣除后的余额超过6万元，应进行汇算清缴并补税。

但是在11月20日召开的国务院常务会议提出，暂定两年内对综合所得年收入不超过12万元或年度补税金额较低的纳税人，免除汇算清缴义务。