合作费指由两个或两个以上单位合作，共同承担自然科学基金项目研究工作的费用。合作单位是指共同申请自然科学基金项目的单位，已在《国家自然科学基金项目申请书》中明确列示，且分别加盖各自单位公章，并获国家自然科学基金委员会批准，《计划书》中也必须列明合作单位，在编制项目经费预算时，合作费首先由各合作单位按照用途分别列入各支出预算科目中，再由牵头单位汇总报送。