金刚菩提子在清理的时候，可以用干刷或水刷的方式来清洗，一般水刷要比干刷清理的干净些。将金刚菩提子刷洗干净后，还要用挑针或牙签清理缝隙内的果肉、污垢。在清理完成后，还需要将金刚菩提子放到晒不到太阳的地方阴干。

清理金刚菩提子的时候，可以用钢丝球干刷，也可以用高压水枪进行水刷，通常水刷要比干刷清理的干净一些。不过为了使金刚菩提子清洗的更干净，最好先放在清水中浸泡三小时左右。

金刚菩提子在刷洗干净后，还需要用到挑针或者牙签，来对它的各个缝隙处进行清洁。一直到看不到残留的果肉，或者污垢为止，并且在清理细节的过程中，尽量动作轻缓一些，以免对金刚菩提子表面造成伤害。

清洗干净的金刚菩提子，还要将它放在晒不到太阳的地方阴干，能够使金刚菩子提达到反碱的效果。同时要注意不要让金刚菩提子在太阳下暴晒，会导致金刚菩提子出现干裂的现象。