1、级别不同虽然两所大学的主管部门都是中央军委，但是国防大学属于副大军区级，而国防科技大学属于正军级。

2、招生群体不同国防大学是中国最高军事学府，副战区级别，军队高级任职教育的一所综合性联合指挥大学，不面向高考招生，不进行初级指挥培训。而国防科技大学是面向高考招生，进行初级指挥培训教育的。