两本书内容、作者、创作时间等不同。

《明史》，是清代官修的一部反映我国明朝1368至1644年历史情况的纪传体断代史。全书336卷，其中目录4卷、本纪24卷、志75卷、表13卷、列传220卷，其卷数在二十四史中仅次于《宋史》，修纂时间之久，用力之勤却大大超过了以前诸史。修成之后，得到后代史家的好评，认为它超越了宋、辽、金、元诸史。

《南明史》，是顾诚的代表作之一，1997年付梓。南明史全书记载自崇祯十七年即1644年大顺军陷北京至康熙三年即1664年夔东十三家进攻重庆之役最后败亡为止的南明史迹。全书大约77万字，建立在扎实史料之上，引用方志达237部，引用书目达579种。