结合酶包括两部分：蛋白质部分，称酶蛋白，决定反应的特异性；非蛋白质部分（通常称为辅助因子），多为小分子有机化合物或金属离子，决定反应的种类与性质。

酶通常是指由活细胞合成的对其特异底物起高效催化作用的蛋白质，是机体内催化各种代谢反应最主要的催化剂，但现在已发现存在核酶，其本质为RNA而非蛋白质，主要参与RNA的剪接。

结合酶分子中则除了多肽链组成的蛋白质，还有非蛋白成分，如金属离子、铁卟啉或含B族维生素的小分子有机物。结合酶的蛋白质部分称为酶蛋白，非蛋白质部分统称为辅助因，两者一起组成全酶，只有全酶才有催化活性，如果两者分开则酶活力消失。非蛋白质部分如铁卟啉或含B族维生素的化合物若与酶蛋白以共价键相连的称为辅基，用透析或超滤等方法不能使它们与酶蛋白分开；反之两者以非共价键相连的称为辅酶，可用上述方法把两者分开。