真假金刚菩提子可以通过三方面来分辨：其一，天然菩提子手感粗糙，仿品菩提子特别光滑。其二，天然菩提子燃烧时发出植物味道，而仿品菩提子发出的是化学味道。其三，天然菩提子的外形纹理各不相同，仿品菩提子则完全一致。

表皮未抛光之前，金刚菩提子的手感比较粗糙，甚至有些扎手。抛光之后，其表皮多少也会有些凹凸不平。如果没有经历过高强度打磨，外表特别光滑的菩提子很可能是假的。

真菩提子遇火会焦化甚至燃烧，并能闻到植物燃烧的气味，假菩提子则会出现化学味道。在使用过程中，会因受干热、大风等发生不同程度的损坏，是真菩提子，无反应则是假货。

天然的金刚菩提子没有完全一致的外形纹理，每一颗菩提子的纹理，都有其自己的特点，一旦遇到两颗完全一样的菩提子，多半是假的。