处理劳动关系纠纷的方式是：

1、首先进行协商处理;

2、协商不成的，可以进行调解，应当在发生争议后先向企业劳动争议调解委员会申请调解;

3、调解不成的，可以向有关机构申请仲裁;

4、仲裁也无法解决的，可以收集相关证据，进行起诉处理。

【法律依据】

根据《劳动争议调解仲裁法》第三条，解决劳动争议，应当根据事实，遵循合法、公正、及时、着重调解的原则，依法保护当事人的合法权益。