圣战系谱分上下两部，一共十二章，序章，1至10章，终章，其中序章至第五章：命运之门，为上半部，第六章至终章：圣战的终焉，为下半部，跨越祖父子三代人的大作。游戏背景为在古兰贝尔大陆上，曾经爆发过一场大战，魔导士加雷再和黑暗龙罗普托斯签订了契约并饮下罗普托斯之血后，得到了恐怖的力量，建立了罗普特教团并向人类宣战。人类面对黑暗龙毫无办法，最终被逼迫到最后的据点。这时候，以神龙王那加为首的十二龙化身为人，与十二名人类英雄订立了契约，将龙的力量借给人类。在十二圣战士的努力下，最终加雷大司教被打败，黑暗龙被封印，世界也再度回归和平。