西红柿底部发黑应该是番茄脐腐病。番茄脐腐病，又称蒂腐病，是番茄上常见的病害之一。保护地、露地均有发生，但保护地重于露地。沿海（江）的砂壤土地区和干旱年份危害严重。该病一般发生在果实长至核桃大时。最初表现为脐部出现水浸状病斑，后逐渐扩大，致使果实顶部凹陷、变褐；病斑通常直径1--2cm，严重时扩展到小半个果实。在干燥时病部为革质，遇到潮湿条件，表面生出各种霉层，常为白色、粉红色及黑色。