蝙蝠在世界各地的生态系统中扮演着关键角色，特别是在热带地区。欧洲绝大多数种类的蝙蝠几乎只吃昆虫。而在热带雨林中有蝙蝠以水果和花蜜为生，这些蝙蝠通过这种方式帮助花卉传粉和播种。许多植物依赖它们进行繁衍，因此，如果其种群下降，热带雨林的自然更新就会受到威胁。

蝙蝠传粉还给人类带来直接好处。没有蝙蝠就没有龙舌兰酒，它们帮助龙舌兰传粉，特别是那些用于酿造酒精饮品的品种。它们携带野生植物的花粉，从而维持植物间相互传粉和基因多样性，并令其更能抵抗环境变化。它们捕食昆虫可为每公顷的农场节省约200美元的杀虫剂费用。根据美国《科学》周刊刊登的一篇研究，白鼻综合征对北美蝙蝠数量的影响可能意味着每年约37亿美元的经济损失，如果算上减少使用杀虫剂给环境带来的益处的话。