双证非全日制硕士的缺点如下：

学费更贵：非全日制研究生目前的学费相比全日制研究生更贵，家庭负担更大；部分专业学制更长：非全日制研究生部分专业学制也会比全日制更长，通常全日制专硕2年的学制，非全日制专硕可能需要两年半甚至3年的时间来完成；社会认可度模糊：政策刚刚改革，许多配套的政策并没有出台，第一届非全日制研究生也未入学，社会上对这种研究生的含金量还是存在质疑。