1、车站性质不同：杭州东站（高铁站、枢纽站、中转站）、杭州站（客货站、高铁、普铁站）；

2、位置不同：杭州站在上城区，环城东路1号，杭州东站在江干区，天城路1号；

3、时间不同：杭州站是老火车站，有百年历史了。杭州东站是新站，号称亚洲最大，动车组列车占多数，以沪杭、杭宁、杭甬三条高铁线的动车组列车为主。