南开大学主要院系有经济学院、商学院、数学科学学院、物理科学学院、化学学院、历史学院、法学院、材料科学与工程学院、医学院、生命科学学院、周恩来政府管理学院等。

南开大学由中华人民共和国教育部直属，位列国家双一流、211工程和985工程，入选首批2011计划、111计划、珠峰计划、卓越法律人才教育培养计划、教育部来华留学示范基地，被誉为学府北辰。